Una discesa nel mondo del colore vi condurrà nelle viscere della Cattedrale; in quella che comunemente viene denominata “Cripta”, una delle più importanti scoperte archeologiche degli ultimi vent’anni. Rivolti dapprima al recupero degli ambienti connessi con l’Oratorio di SS Giovannino e Gennaro, i lavori commissionati dall’Opera della Metropolitana nel 1999 si sono estesi all’area sotto il coro della cattedrale, mettendo in luce in modo del tutto inatteso un ambiente decorato da un ciclo pittorico realizzato da una serie di artisti operanti a Siena nella seconda metà del Duecento quali Guido da Siena, Dietisalvi di Speme, Guido di Graziano, e Rinaldo da Siena. L’assoluta novità e la  qualità straordinaria delle immagini recuperate dopo tanti secoli dilata in modo stupefacente la conoscenza della pittura murale duecentesca, apportando una testimonianza fondamentale sulla genesi e lo sviluppo della scuola pittorica senese.

Il ciclo si caratterizza per la vivacità del colore che oltre a coprire le pareti dove si trovano gli affreschi, riveste interamente colonne, pilastri, capitelli e mensole, decorati a motivi geometrici o vegetali.Le scene figurate si dispongono su due ordini: in alto episodi dell’Antico Testamento, in basso quelli del Nuovo. Straordinaria e solenne la rappresentazione del dramma della Passione di Cristo con tre grandi momenti: Crocifissione, Deposizione dalla Croce e Deposizione nel Sepolcro. 

I  risultati della scoperta non si limitano ai soli aspetti figurativi. Da un punto di vista architettonico ed archeologico le scoperte appaiono ugualmente di estremo interesse, intrecciandosi in piena consonanza con le risultanze figurative. Per altro gli elementi strutturali, presentandosi tuttora largamente decorati, restituiscono un’immagine nuova ed insolita di architettura dipinta, che unitamente al ritrovamento delle fondamenta della parte absidale della chiesa più antica, gettano luce preziosa sulle fasi costruttive della Cattedrale e sui numerosi  problemi tuttora irrisolti.

Continuando nella visita si raggiungono alcuni locali che preservano parti delle strutture della cattedrale risalenti al XII, XIII e XIV secolo. Sono infatti visibili le murature in pietra di quella che doveva essere la zona del coro e del braccio sinistro del transetto del duomo del XII secolo. A queste nel corso del Duecento è stato addossato un grande ambiente che aveva in origine un ingresso autonomo dall’esterno e che ad inizio Trecento fu collegato alla ‘cripta’ tramite una porta ricavata nella parete affrescata, la stessa che utilizziamo oggi per accedervi.

Nel corso del XIV secolo questo locale fu completamente trasformato; in seguito alla costruzione del Battistero e all’ampliamento della Cattedrale verso piazza san Giovanni fu inglobato nelle nuove strutture, costruite in mattoni e dotate di grandi finestre a sesto acuto.