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Rivolti dapprima al recupero degli ambienti connessi con l'Oratorio di SS Giovannino e Gennaro, i lavori commissionati dall'Opera della Metropolitana nel 1999 si sono estesi all'area sotto il coro della cattedrale, mettendo in luce in modo del tutto inatteso un ambiente decorato da un ciclo pittorico, da collocarsi intorno al 1280, realizzato da una serie di pittori operanti a Siena nella seconda metà del Duecento quali Guido da Siena, Dietisalvi di Speme, Guido di Graziano, e Rinaldo da Siena. L'assoluta novità e la qualità straordinaria delle immagini recuperate dopo tanti secoli dilata in modo stupefacente la conoscenza della pittura murale duecentesca, apportando una testimonianza fondamentale sulla genesi e lo sviluppo della scuola pittorica senese.

Il ciclo si caratterizza per la vivacità del colore che oltre a coprire le pareti dove si trovano gli affreschi, riveste interamente colonne, pilastri, capitelli e mensole, decorati a motivi geometrici o vegetali.Le scene figurate si dispongono su due ordini: in alto le scene dell'Antico Testamento, in basso quelle del Nuovo. Straordinaria e solenne la rappresentazione del dramma della Passione di Cristo con tre grandi scene con la Crocifissione, la Deposizione dalla Croce e la Deposizione nel Sepolcro che si trovano sulla parete di fondo.

Ma i risultati della scoperta non si limitano ai soli aspetti figurativi. Da un punto di vista architettonico ed archeologico le scoperte appaiono ugualmente di estremo interesse, intrecciandosi in piena consonanza con le risultanze figurative. Per altro gli elementi strutturali, presentandosi tuttora largamente decorati, restituiscono un'immagine nuova ed insolita di architettura dipinta. Inoltre le acquisizioni, non solo del vano già ricordato, ma anche di altri ambienti, come le fondamenta della parte absidale della chiesa più antica, affiorate in connessione con lo scannafosso, scavato lungo la parete recante la Crocifissione e la Deposizione, gettano luce preziosa sulle fasi costruttive della Cattedrale e sui numerosi problemi tuttora irrisolti.